Los hongos patógenos son organismos oportunistas que crecen en plantas y semillas. Por lo general, contaminan los piensos estresados o dañados, cuando las condiciones para su proliferación (por ejemplo, temperatura ambiente, humedad) son las correctas. Los tres principales géneros de hongos que plantean desafíos a la producción ganadera son Aspergillus, Fusarium y Penicillium.

Como parte de su metabolismo, estos hongos producen micotoxinas que pueden afectar las vías metabólicas animales de forma diferente y en última instancia pueden provocar la muerte de especies y/o individuos más susceptibles. El género Fusarium es generalmente muy frecuente en piensos y forrajes, con una toxina muy conocida de este grupo como es el Deoxinivalenol (DON; Vomitoxina).

Los animales afectados muestran diferentes sintomatologías después de consumir alimentos contaminados, como ser problemas gastrointestinales, diarrea, depresión de la inmunidad y un rendimiento general pobre. Los efectos en el tracto gastrointestinal incluyen una mayor permeabilidad del epitelio que permite que las toxinas entren en la circulación y que el líquido vuelva al lumen.

Las Fumonisinas circulantes son tóxicas para las células, particularmente del hígado y riñón, y también se sabe que afectan la función inmunológica en vías metabólicas aún no bien descritas. Un mecanismo propuesto recientemente ha sido el deterioro de la respuesta inflamatoria necesaria para reconocer la micotoxina en sí. Se ha sugerido que el DON tiene un efecto de regulación descendente del factor Mieloide de Diferenciación 88 (MyD88), una molécula adaptadora esencial para la mayoría de los receptores similares al del tipo Toll (TLR), que median la inducción de citoquinas inflamatorias.

En la actualidad se sabe muy poco sobre los efectos de estas micotoxinas en los glóbulos blancos circulantes. Los rumiantes, por supuesto, tienen una ventaja en comparación con los no rumiantes debido a las características de su sistema digestivo. La fermentación en el rumen actúa como una cámara desintoxicante en medida variable para los factores anti-nutricionales de las plantas, así como las micotoxinas de los hongos.

Un ejemplo es el DON que se transforma dentro de las 24 horas al metabolito menos tóxico deepoxy DON (DOM-1) cuando se incuba en el líquido ruminal. Otras micotoxinas pueden escapar al retículo rumen sin ser afectadas o convertirse en metabolitos que retienen su actividad biológica. Un ejemplo es la aflatoxina B1 que puede ser parcialmente degradada en el rumen al aflatoxicol (tóxico) y luego absorbida y transformada en el hígado a aflatoxina M1 (tóxica), que luego puede aparecer en la leche.

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